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中心现有在职在编职工487名,其中,专业技术人员440人,研究生以上学历205人,正高级技术职务73人,副高级技术职务94人。现辖31个部门(室、科、所),其中职能部门9个、业务部门18个,其它科室3个,主要有急性传染病防制、慢性传染病防制、慢性非传染病防制、性病与艾滋病防制、免疫规划、消毒与媒介生物防制、食品安全与评价、儿童青少年健康促进所(学生健康管理办公室)、环境疾病(地方病)防制、放射防护、职业病防治、毒理与功能评价、理化检验、病原微生物研究、健康教育与健康促进、公共卫生信息等专业部门,主办《江苏预防医学》、《江苏卫生保健》杂志。